Il procedimento di modifica non sostanziale inizia per istanza di parte. La Città metropolitana, verifica la completezza della documentazione trasmessa, nel caso in cui vengano riscontrate difformità, carenze o incongruenze chiede all’istante di procedere, entro trenta giorni, all’integrazione di quanto richiesto. In caso di mancata integrazione nei tempi suddetti, l’autorità competente procede all’archiviazione d’ufficio dell’istanza. La Città metropolitana provvede ad avviare il procedimento che approva il progetto, autorizza la realizzazione delle modifiche proposte e la gestione. Qualora lo ritenga opportuno la Città metropolitana può acquisire pareri, osservazioni e informazioni dagli Enti territorialmente competenti anche attraverso la convocazione di una conferenza di servizi.

Se l'ente ritiene che la casistica proposta sia riconducibile alla fattispecie di variante sostanziale, comunica al richiedente il rigetto dell’istanza presentata entro 30 giorni, segnalando le eventuali integrazioni da presentare mediante la procedura di variante sostanziale.Entro 30 giorni dalla presentazione della domanda è convocata la conferenza di servizi che è chiamata ad esprimere la valutazione del progetto entro i successivi 90 giorni. In caso di esito positivo, entro i successivi 30 giorni viene assunto l'atto conclusivo che approva il progetto, autorizza la realizzazione dell'impianto e la gestione.